《地球百子》第二季的故事紧接着上季结尾，克拉克一个人在白色的房间里，疯狂地想要弄清楚她身处的奇异环境。贝拉米、芬恩和瑞文的命运仍然未知，而林肯和奥克塔维亚的大胆计划被挫败，敌人卷土重来。与此同时，阿比盖尔、凯恩和方舟的幸存者必须在他们危险而美丽的新世界中确立自己的位置，他们正面临着重新融入社会所带来的人身危险和道德困境。他们将建立什么样的生活？又将为此付出什么代价？